国内には、ヤマトシジミ、セタシジミ、マシジミの３種類のシジミが棲息するが、琵琶湖に棲むセタシジミは激減し、本州以南の川の砂地に棲んでいたマシジミは生息環境の悪化により、ほとんど獲れない状況にある。

そのため、現在、国内で漁獲されるシジミはほぼ100％がヤマトシジミである。

自然の環境悪化の影響を受けて、国産のシジミの漁獲量も下降傾向にある。1960年代には年間5万ｔ前後あったが、現在は2万ｔを切っている。

ヤマトシジミとセタシジミは、卵を産んで育つ卵生だが、マシジミは子の状態で産む胎生である。

ヤマトシジミとマシジミはふくらみが低いが、セタシジミはふくらみが高い。またヤマトシジミとセタシジミは殻の輪が弱く、光沢があるが、マシジミ輪が強く、光沢が鈍い。殻の内側はヤマトシジミが白っぽい紫なのに対し、マシジミは濃紫色。